临床上，甲功三项可用于甲状腺功能的评估以及甲状腺机能减退和甲状腺亢进等疾病的辅助诊断及治疗监测。在孕前、妊娠期甲状腺疾病的检测及新生儿筛查中亦具有重要意义。

甲状腺疾病对女性生殖功能以及妊娠结局有不良影响，因此，甲状腺功能检查也被国家卫健委列入孕前及孕期保健指南的备查项目。国外研究发现，妊娠期甲亢孕早期发生自然流产、孕晚期胎死宫内风险增加。妊娠期甲亢危象起病急，进展快，病死率高，一旦发生，严重威胁孕妇及胎儿健康。

另外，通过新生儿疾病筛查，可以对患有先天性甲状腺功能低下患儿做到早发现、早治疗。先天性甲状腺功能低下症是一种由于先天性甲状腺发育障碍,不能产生足够甲状腺素而引起生长迟缓、智力发育落后的疾病。该病在新生儿期往往是隐匿的,不易引起家长甚至医生的注意而延误诊断和治疗,从而影响大脑发育,导致不可逆性损害。

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